Risto Makkonen käyttää ilmastomalleja tutkiakseen mennyttä, nykyistä ja tulevaa ilmastoa. Risto koordinoi Suomen osuutta CMIP6-ilmastomallikokeisiin, joita käytetään seuraavassa IPCC raportissa. Hänen oma tutkimuksensa keskittyy erityisesti pienhiukkasten ja kasvillisuuden ilmastovaikutuksiin. Risto on Kysyilmastosta-hankkeen koordinaattori.